L'entreprise doit être informée en amont par l'envoi d'un avis de vérification (en recommandé avec avis de réception ou remis en main propre), précisant expressément que l'entrepreneur peut se faire assister par un conseil de son choix.

L'avis de vérification doit être accompagné de la charte des droits et obligations du contribuable vérifié.

Une fois cet avis reçu, l'entreprise dispose de 15 jours pour transmettre les données de comptabilité à l'administration.

Sauf demande expresse du contribuable, la procédure se déroule dans les locaux de l'entreprise.

Pour la première intervention, le vérificateur remet à l'entreprise la charte du contribuable vérifié et fixe le cadre et les modalités des opérations de contrôle.

Cette première intervention permet notamment :

• d'échanger par écrit ou par oral sur les caractéristiques de l'entreprise et sa situation économique ;

• et de rechercher en commun des modalités d'intervention appropriées.

Au cours du contrôle, le vérificateur associe l'entreprise de manière transparente à l'ensemble des opérations.

En contrepartie, celle-ci doit mettre à sa disposition tous les documents nécessaires au contrôle (livres comptables, factures, relevés de comptes bancaires, contrats, par exemple).

Le contrôle porte principalement sur l’analyse :

• des principaux impôts commerciaux ;

• des résultats de l’entreprise impôt sur les sociétés ou sur le revenu dans les catégories BIC-BNC-BA) ;

• du chiffre d’affaires (TVA et taxes sur le chiffre d’affaires) ;

• des actifs (CET et taxes foncières).

Depuis le 1er janvier 2014, en cas de contrôle sur place, les entreprises qui tiennent leur comptabilité avec un système informatisé doivent remettre à l'administration les fichiers des écritures comptables (FEC) conformes aux normes de l'administration fiscale. Voir fiche sur le contrôle fiscal à distance.

Dans les petites entreprises, le vérificateur ne peut pas effectuer un contrôle sur place supérieur à 3 mois.

Néanmoins, en cas de graves irrégularités et pour les entreprises dont le chiffre d'affaires est inférieur à 789 000 € pour les activités d'achat/vente ou 238 000 € pour les prestations de services, le contrôle peut exceptionnellement durer 6 mois.

L'entreprise dispose des garanties suivantes :

• être prévenue en amont par l'envoi d'un avis de vérification de comptabilité (sauf en cas de contrôle inopiné) l'informant de la possibilité de se faire assister par un conseil de son choix ;

• être destinataire de la charte du contribuable (qui précise ses droits) ;

• être informée de la durée maximale de la vérification de comptabilité sur place ainsi que de ses résultats et de ses conséquences financières ;

• il est interdit de procéder à un nouveau contrôle sur les exercices ou revenus déjà vérifiés (sauf fraude ou apparition d'un fait nouveau postérieur à la vérification par exemple).